La Scuola di Specializzazione in Farmacia Ospedaliera provvede alla formazione di laureati in discipline farmaceutiche attraverso l'approfondimento teorico e pratico finalizzato all'espletamento della professione nell'ambito delle strutture farmaceutiche ospedaliere e territoriali del Servizio Sanitario Nazionale e/o internazionale. 

Sono specifici ambiti di competenza la gestione dei farmaci e dei dispositivi medici, la produzione dei farmaci anche a carattere sperimentale, l'informazione e la documentazione sul farmaco, la vigilanza sui prodotti sanitari, la vigilanza sull'esercizio farmaceutico.

La Scuola di Specializzazione conferisce il diploma di "Specialista in Farmacia Ospedaliera".

L'accesso al primo anno di corso della Scuola di Specializzazione avviene tramite concorso pubblico ed è riservato, senza limitazioni di età e di cittadinanza, a coloro che siano in possesso di laurea specialistica (Classe 14/S) o magistrale (Classe LM-13) in Farmacia e Farmacia Industriale, ovvero a coloro che siano in possesso di diploma di laurea conseguito secondo l'ordinamento previgente il D.M. 509/1999 e successive modificazioni, in Farmacia o Chimica e Tecnologia Farmaceutiche. 

Per l'iscrizione è richiesta altresì l'abilitazione all'esercizio della professione di Farmacista.

Sono ammessi al concorso per l'ammissione alla Scuola di Specializzazione anche coloro che siano in possesso del titolo di studio di cui sopra conseguito presso Università straniere e riconosciuto da una Facoltà di Farmacia di un Ateneo Italiano. Per l'iscrizione è richiesta, altresì, l'abilitazione all'esercizio della professione di Farmacista conseguita in Italia.

Il percorso didattico della Scuola di Specializzazione ha la durata di quattro anni, non suscettibili di abbreviazione e prevede l'acquisizione di complessivi 240 CFU, di cui almeno 168 riservati ad attività professionalizzanti volte alla maturazione di specifiche capacità professionali nell'ambito delle attività elettive pratiche e di tirocinio in Farmacia ospedaliera o in Farmacia territoriale.

Al termine del corso di studi lo specialista in Farmacia Ospedaliera deve aver maturato conoscenze teoriche, scientifiche e professionali nel campo della farmacia clinica, della farmacoterapia e dell'utilizzo delle tecnologie sanitarie, della farmacoeconomia nonchè della legislazione sanitaria, con particolare riferimento al settore farmaceutico.