La storia degli studi di Farmacia a Camerino si inserisce nella storia plurisecolare dell'Università stessa. Le origini dell'Ateneo camerte risalgono al 20 settembre 1336 allorquando il nunzio della Sede apostolica nella Marca Bertrando de Dèaulx autorizza la città a nominare capitani delle arti, podestà e notari curiali, un atto che viene interpretato come facoltà di conferire non solo funzioni ed uffici ma anche gradi accademici. Un frammento di Statuti camerti, ascrivibile alla redazione del 1355, lascia intendere attivi in città i seguenti corsi: diritto canonico, diritto civile, medicina e lettere. Nel 1727 Benedetto XIII, con Bolla datata 15 luglio, conferiva all'Università di Camerino il titolo di "Universitas studii generalis" e nel 1753 Francesco l di Asburgo-Lorena estese il riconoscimento delle lauree camerti a tutto il territorio del Sacro Romano Impero e attribuì la dignità di conte palatino al rettore pro-tempore.

Dopo la riforma delle Università Pontificie del 1824, fu concessa all'Università di Camerino la potestà di conferire "le basse matricole" per l'esercizio delle arti sanitarie minori, quali la Farmacia, Flebotomia, Veterinaria e Ostetricia. 

Le origini della Facoltà di Farmacia vanno invece ricercate ne "Il Regio Decreto n. 4605" del 1861 in cui si sancisce che la libera Università di Camerino possa conferire la Laurea in Giurisprudenza (4 anni) e la Laurea in Medicina e Chirurgia (4 anni). Questi primi impulsi di studio in campo medico rispondono all'esigenza dell'Italia unita di colmare il gap con l'estero in termini formativi e strutturali. L'attivazione di corsi di Laurea e di Diploma in materie sanitarie rappresenta ovviamente un forte stimolo allo sviluppo di studi di natura medico-farmacologica presso l'Ateneo camerte.

Fu a partire dal 1877 che l'Università di Camerino attivò anche un Diploma in Farmacia di 3 anni. Celebre docente dell’Università di Camerino in quegli anni fu Nazareno Strampelli che nel periodo 1891-1892 e poi dall’anno accademico 1894-95 a tutto il 1900 ricoprì gli incarichi di assistente presso il Gabinetto di Fisica e di aiuto presso i Gabinetti ed i Laboratori di Chimica, Mineralogia e Farmacia. Nazareno Strampelli, nato a Crispiero di Castelraimondo (Macerata) nel 1866, è a tutt'oggi considerato il padre della rivoluzione verde e si devono a lui le ibridazioni genetiche su diverse varietà di frumento (ad esempio il Senatore Cappelli) che hanno portato alla coltivazione, produzione e diffusione delle moderne varietà di grano.

Più avanti negli anni si assistette all'ampliamento della Scuola di Farmacia dell'Ateneo che, nell'anno accademico 1924/25, in aggiunta al Diploma in Farmacia, iniziò a conferire anche la Laurea in Chimica e Farmacia (4 anni più 1 anno di tirocinio). 

Nell'anno accademico 1929/30, la Facoltà di Chimica e Farmacia modificò, ampliandola, la sua offerta didattica, iniziando a conferire oltre al Diploma in Farmacia ed alla Laurea in Chimica e Farmacia, anche la Laurea in Chimica pura. Quando poi nel 1937/38 nacque la Facoltà di Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali, la Laurea in Chimica passò ad appannaggio della Facoltà di Scienze. Da quel momento la Facoltà di Farmacia cominciò a conferire solo la Laurea in Farmacia, mentre il Diploma fu assegnato fino ad esaurimento.

A partire dalla seconda metà degli anni '60 venne attivato il Corso di Laurea in Chimica e Tecnologia Farmaceutiche (CTF). Con l'avvento delle lauree triennali si sono infine aggiunti i Corsi di Laurea in Informazione Scientifica sul Farmaco, Tossicologia del Farmaco, degli Alimenti e dell'Ambiente oltre a quello di Biotecnologie, attivato in interazione con la Facoltà di Scienze e Tecnologie. La successiva riorganizzazione dei Corsi di studio vide la chiusura del Corso di Laurea in Tossicologia e Biotecnologie e contestualmente, nei più recenti anni 2000 l’apertura del Corso di Laurea in Informazione Scientifica sul Farmaco/Scienze del Fitness e dei Prodotti della Salute e dal 2018 l’apertura del Corso di Laurea in Scienze Gastronomiche.

A partire dagli anni '70 la Facoltà, e l'Ateneo in generale, hanno vissuto uno spinto processo di internazionalizzazione; i ricercatori UNICAM hanno cominciato a collaborare con Università estere migliorando così le proprie conoscenze e dando vita a nuovi e numerosi progetti. Oggi queste dinamiche interessano anche gli studenti grazie alla concreta possibilità di cooperare con Università e centri di ricerca stranieri. Questi aspetti sono di capitale importanza per una Facoltà come quella di Farmacia che, ambendo all'eccellenza, non può prescindere da una efficace condivisione e collaborazione con altre realtà in tutto il mondo.

Con l’entrata in vigore del nuovo statuto, le Facoltà e i Dipartimenti sono confluiti nelle Strutture Autonome Responsabili di Ricerca e Formazione (SARRF), strutture autonome responsabili dello svolgimento e del coordinamento delle attività di ricerca, di formazione, di trasferimento di competenze e conoscenze di servizi. Unificano le competenze di Dipartimenti (ricerca) e Facoltà (formazione) e assumono la denominazione di "Scuole di Ateneo". Le SARRF hanno autonomia scientifica, didattica, organizzativa e, nei limiti fissati dal Regolamento di Ateneo per l’amministrazione, la finanza e la contabilità, hanno autonomia finanziaria, gestionale e contabile. La Scuola di Scienze del Farmaco e dei Prodotti della Salute ad oggi conta 4 Corsi di Studio, 2 magistrali e ciclo unico (Farmacia , Chimica e Tecnologia Farmaceutiche), 2 triennali (Informazione Scientifica sul Farmaco e Scienze del Fitness e dei Prodotti della Salute, Scienze Gastronomiche), una Scuola di Specializzazione in Farmacia Ospedaliera, vari Master e Corsi di Alta Formazione che la pongono in linea con quelle che sono le richieste dell’attuale mercato del lavoro nel settore sanitario, del benessere e dei prodotti della salute.